Село Прокудское возникло в 1726 году. В значительной степени население его состояло из крестьян, бегущих из средней полосы России, ямщиков и разночинцев, так называли потомков сибирских служивых людей ХVIII века.

В источниках первой половины восемнадцатого века Томский округ Чаусского ведомства, в который входило с. Прокудское, фигурирует как местность, которую заселяли старообрядцы.

В конце сороковых годов ХVIII века статистика зарегистрировала в ведомстве Чаусского острога 48 деревень. В деревне Прокудкиной проживало 6 человек: 5 разночинцев,1 крестьянин.

По предположению многих авторов архивных документов, данное село получило свое название по фамилии первого жителя, основателя селения - Прокудина.

Постепенно село росло и стало одним из крупных сел в округе. Оно располагалось на пути в Колывань, центр ремесленного производства и торговли, в который из сел и деревень вверх по реке Чик ехали мужики за покупками.

Основное занятие населения – земледелие. Ежегодно собирали крестьяне богатые урожаи ржи, пшеницы, овса, ячменя и других злаков; выращивали некоторые огородные культуры.

Непременным спутником земледелия являлось и животноводство. Местные крестьяне содержали лошадей, коров, овец, свиней. 

В 1904 году с. Прокудское, д. Бунькова, д. Каткова, с. Крохалевское относились к Кривощековской волости Томского уезда Томской губернии.

В конце XIX века близ села прошла железная дорога. Великая Сибирская магистраль, строившаяся от Челябинска, к 1905г. дотянулась до Владивостока.

В южной части села появилась железнодорожная станция, водонапорная башня 1897г. В 1905 году в селе Прокудском было зарегистрировано 256 дворов, а «число наличных душ» составило 709 человек мужского пола и 681- женского.

Село росло, увеличивалось в нем и число жителей.  В «Памятной книжке по Томской губернии» за 1911 г.  мы уже встречаем  Прокудскую  волость, в  которую вошли «село  Прокудское, д. Бунькова, д. Чикъ, д. Каткова,                          с. Крохалевское, д. Казакова, с. Кочневское»,  а также вновь образованные переселенческие поселки: «Антоновский, Бармашевский, Баславинка, Захолустный, Хуторок, Троицкий, Отрубный, Коноплянский и Кремлевский».

В 1917 году образован новый Новониколаевский уезд, село Прокудское вошло в его состав.

В 1926 году в селе насчитывало 564 хозяйства. На его территории имелась школа, изба-читальня, фельдшерский пункт, который располагался рядом с железной дорогой, три торговых лавки, Кузнецовская мельница, станция Чик. В тот период образована одна из первых коммун под названием «Красный герой»

Постановлением Сибкрайисполкома от 28.05. 1929 года создан новый район – Новосибирский (из Каменского и Бугринского).  Прокудский сельский Совет отнесен к Новосибирскому району.

2 марта 1932 года на основании постановления ВЦИК Прокудский сельский Совет впервые отнесен к Коченевскому району.

В 1947 году произошло укрупнение колхозов «Пламя революции» и «Память Ленина» в один колхоз. В 1949 году в территорию Совета вошел п. Речник, а в 1952 году - совхоз № 2 (совхоз «Чистопольский»).

В 1957 году произошли значительные изменения в границах сельских Советов в связи с образованием в районе совхозов. С ликвидацией колхозов, колхоз «Пламя революции» влился в Чикский семсовхоз. Кроме того, в Чикский семсовхоз также отошли земли колхозов Буньковского и Катковского сельских Советов. Это колхоз имени Чкалова д. Буньково и Малый Чик, колхоз «Первое мая» - с. Катково и д. Крахалевка. В Прокудский сельсовет из Коченевского причислены поселки первого и второго отделений Чиковского совхоза.

В соответствии с решением Новосибирского облисполкома № 272 от 25 июня 1957 г. объединены Прокудский и Катковский сельские Советы - в Прокудский сельский Совет.

В 1963 году Прокудский сельский Совет отнесен к Новосибирскому сельскому району.  В 1965 году - возвращен в состав Коченевского района.

В настоящее время наименование муниципального образования -  Прокудский сельсовет Коченевского района Новосибирской области.

Граница Прокудского сельсовета и статус его как сельского поселения установлены Законом Новосибирской области от 02.06.2004 № 200-ОЗ «О статусе и границах муниципальных образований Новосибирской области». Он  состоит из объединенных общей территорией следующих сельских населенных пунктов: деревня Буньково, деревня Крохалевка, деревня Чик, железнодорожная станция Остановочная Платформа 3293 км, населенный пункт Кордон, поселок Светлый, село Катково, село Прокудское. Административным центром Прокудского сельсовета является с. Прокудское. С марта 2014 года его возглавляет – Цурбанов Валерий Александрович.